La bioinformatica può essere definita come scienza della complessità , visto che si trova ad affrontare moli di dati singolarmente vaste, complesse e quasi infinitamente intercollegate. La scienza della bioinformatica mira a estrarre il senso di tutta questa informazione, e a usare la conoscenza risultante per scopi quali l'ingegnerizzazione di nuovi farmaci. Per realizzare questo obiettivo si ricorre a un vasto insieme di tecniche computazionalmente intensive, sia usando supercalcolatori, o sempre più il GRID. E' opinione comune che il progresso in questa scienza passi attraverso la realizzazione di comitati per la creazione di standard e la disponibilità  di potenze di calcolo sempre maggiori. Purtuttavia, aumenta il numero di ricercatori che suggeriscono che il problema non va affrontato solo aumentando la disponibilità di calcolo, ma anche progettando software che permettano all'intelletto umano di affrontare meglio problemi così complessi. Verrà presentato lo stato dei progetti di bioinformatica in cui il CILEA è coinvolto e lo stato dell'arte di questa scienza in Italia.