La ricerca genetica ha prodotto negli ultimi anni quantità  tali di dati da rendere la loro analisi e memorizzazione un problema da supercalcolo. Allo stesso tempo, il supercalcolo si presenta come uno strumento indispensabile per studiare la struttura delle proteine, la loro funzione e le interazioni con le sostanze medicinali. Le conoscenze di biologia molecolare sono poi giunte al punto in cui diventa pensabile la simulazione di intere cellule. E in Italia a che punto siamo? Quali sono i problemi da affrontare? Questi e altri sono gli argomenti che verranno affrontati durante il CAPI2006. Il CILEA, con la collaborazione dell'Istituto di Tecnologie Biomediche del CNR, è particolarmente attivo in questo campo, che lo vede in prima linea con due progetti, LITBIO (Laboratory for Interdisciplinary Technologies in Bioinformatics) e BioinfoGRID (Bioinformatics Grid Application for life science).

Programma

 

16 Ottobre 2006

10.00 Registrazione

10.30 Saluti e introduzione al convegno

Fiorenzo Galli - Direttore Museo Nazionale della Scienza e della Tecnologia
(assente sostituito da Giovanni Crupi)

Marcello Fontanesi - Rettore Università  degli Studi di Milano Bicocca -“ Presidente CILEA
Adriano De Maio - Sottosegretario Alta Formazione, Ricerca e Innovazione - Regione Lombardia

Luigi Rossi Bernardi - Assessore Ricerca, Innovazione, Capitale Umano - Comune di Milano


Alberto Albertini - Direttore Istituto Tecnologie Biomediche - CNR, Milano


10.50 - 13.00 Prima Sessione

Relazione introduttiva

Luciano Milanesi - CNR-ITB, Milano

Contributi scientifici

Progettazione razionale di mimici dei carboidrati

Anna Bernardi - Università  degli Studi di Milano

Computer simulations of biomolecular systems

Giorgio Colombo - CNR-ICRM, Milano

BLAST sul Demonstrator: un nuovo portale per lanciare BLAST sfruttando le potenzialità  della GRID

Giuseppe La Rocca - INFN - Sezione di Catania

Applicazione a problemi di somministrazione di farmaci delle tecniche di supercalcolo legate alla risoluzione di Equazioni di Hamilton-Jacobi in  dimensione alta

Enrico Bersani - (assente - sostituito da Piero Lanucara) - CNR-ISMAC


Lunch

14.20 - 16.15 Seconda Sessione

Contributi scientifici

Computing infrastructure for drug design within pharmceutical industry

Alfonso Pozzan - GlaxoSmithKline, Verona


Il supercalcolo paralleo al servizio della farmaceutica: DELOS, una piattaforma  bioinformatica per il drug - discovery

Piercarlo Fantucci  - Università  degli Studi  di Milano Bicocca

High performance computing and in silico drug design: quo vadis?

Stefano Moro - Università  degli Studi di Padova

High performance computing per il drug design cardiovascolare

Carmelina Ruggiero - Università  degli Studi di Genova

Coffee break

16.15 - 17.30 Tavola Rotonda

L'importanza per la società  della ricerca basata sul Calcolo ad Alte Prestazioni



Introduce e coordina il Prof. Enrico Bellone - Storico della scienza - Università  degli Studi di Milano

Partecipano:

Intervento di apertura Rita Levi Montalcini (intervista registrata)

Eugenio Santoro (assente) - Istituto Mario Negri

Luca Sartori  - Genextra

Christian Orrenius - Nerviano Medical Sciences

Alessandro Veneziani - Politecnico di Milano

Amilcare Collina - MAPEI e Confindustria

Giuseppe Caravita - Giornalista Il Sole 24 ore


17 Ottobre 2006

9.15 - 10.55 Prima sessione

Contributi scientifici

Simulazione di processi biologici con i sistemi a membrane

Daniela Besozzi - Università  degli Studi Milano

Bio-molecular diagnosis through random subspace ensembles of learning machines

Giorgio Valentini - Università  degli Studi di Milano

Metodi di apprendimento automatico per l'annotazione strutturale e funzionale
di genomi

Ivan Rossi - Università  degli Studi di Bologna

Computational dissection of large gene-expression dynamics (by the correlation
method)reveals pathways co-regulation changes by conditional transcription factor
activation

Gastone Castellani - Università  degli Studi di Bologna e INFN

Modelling Immune System: a challenge for HPC and Grid Computing
Santo Motta - Università  degli Studi di Catania

Coffee break


11.10 - 13.15 Seconda Sessione

Contributi scientifici

High performance computing in studies of proteins. A comparative moleculardynamics investigation of psycrophilic and mesophylic elastases

Luca De Gioia - Università  degli Studi Milano Bicocca

Il ruolo di un centro HPC nel supporto delle Scienze della vita

Elda Rossi - CINECA

Applicazione GRID per il confronto esaustivo delle regioni genomiche conservate tra uomo e topo

Graziano Pesole - Università  degli Studi di Bari

sostitutito da (assente sostiutito da Flavio Mignone) - Università  degli Studi di Milano

Applicazioni del calcolo avanzato nell'ambito delle biotecnologie presso il CEINGE

Giovanni Paolella - Università  degli Studi di Napoli "Federico II"

e-bioscience@CASPUR: sviluppo e consolidamento di una soluzione dedicata alla biologia computazionale

Tiziana Castrignanà²


CILEA e LITBIO: una sinergia di successo

Claudio Arlandini - CILEA, Segrate Milano

Lunch

14.30 - 16.00 Tavola  Rotonda

Infrastrutture informatiche per la ricerca nelle scienze della vita e sintesi generale del convegno

Coordina gli interventi il Prof. Ivo De Lotto presidente AICA

Partecipano:

Piercarlo Fantucci - Università  degli Studi Milano Bicocca

Francesco Beltrame - CNR

Sanzio Bassini - CINECA

Nico Sanna - CASPUR

Giovanni Meloni - CILEA

Un rappresentante del Ministero dell'Università  e della Ricerca